Bu sorun bende de vardı internetten araştırdığımda, sayfa yüklendikden sonra javascript dosyası oluşturularak sorunu çözmüşler.Sayfa yapısını aşağıdaki gibi yaparsan sorun olmaz.
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<title>JavaScript Tooltip Demo</title>
<style type="text/css">
   #text {margin:50px auto; width:500px}
   .hotspot {color:#900; padding-bottom:1px; border-bottom:1px dotted #900; cursor:pointer}
   #tt {position:absolute; display:block; background:url(' . $settings['default_theme_url'] . '/images/tt_left.gif) top left no-repeat}
   #tttop {display:block; height:5px; margin-left:5px; background:url(' . $settings['default_theme_url'] . '/images/tt_top.gif) top right no-repeat; overflow:hidden}
   #ttcont {font-size:11px; display:block; padding:2px 12px 3px 7px; margin-left:5px; background:#666; color:#FFF}
   #ttbot {display:block; height:5px; margin-left:5px; background:url(' . $settings['default_theme_url'] . '/images/tt_bottom.gif) top right no-repeat; overflow:hidden}
</style>
<script language="javascript" type="text/javascript">
window.onload=function(){
    var e = document.createElement('script');
    e.type = 'text/javascript';
    e.src = 'script.js';// tooltip fonsiyonu ayrı bir js dosyası olarak kaydet
    document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(e);
}
</script>
</head>
<body>
   <span class="hotspot" onmouseover="tooltip.show(\'Açıklama\');" onmouseout="tooltip.hide();">Kelime</span>
</body>
</html>