sunucuya ssh erişiminiz varsa konsoldan yükleyebilirsiniz. yoksada ftp den yükleyip sistem yöneticinize bildirirseniz daha hızlı çözüm olur bence. 3-5 mb den büyük dosyaları şahsen phpmyadmin türevi programlarla yüklemeyi tavsiye etmiyorum. Zaten php nin default upload limiti o kadar degil