Bu konuda çok başlık var arkadaşım.
Ben en az 2 kere böyle sorulara yanıt verdim.
Subdomain ayrı bir domain demektir. Subdomaine wordpress kurarsan yeni bir domaine wordpress kurmaktan farkı olmaz. sıfırdan yayın hayatına başlamış olursun.
Alt klasöre kurduğunda da ileride link yapısını değiştirmemen lazım. Yoksa hit kaybı yaşarsın.
Çünkü bir süre sonra eski scriptine link gitmediği için indexlerin silinecek ve eski sayfaların düşecek. Yeni sayfalar yükselecek. O zaman da oradan ana dizine geçmek için çabalarsan yine hit kaybı yaşama ihtimalin olur.