pecl/pear da bulunan ssh2 extension u ile mi çalıştırıyorsunuz yoksa shell_exec - exec veya proc_open ile mi ?
ssh2 eklentisi ile çalıştığımda bu tarz sorunlar görmedim.
olumsuz direk ssh baglaniyorum hosta
sonra php -f dosyaadi.php yaziyorum
yani php ile komut calistirmiyorum .php yi komut satirinda script işleyici olarak kullaniyorum