Hocam öncelikle bu konu javascripte girer php ile alakası yoktur. Neyse anlatayım kendi çapımda senin verdiğin kod hatalı çalışmıyor. Kendim yazıorum sen formuna uyarlarsın.

<form action="javascript:void(0)" method="post" name="formalani_ana">
<input type="text" name="inputalani_yazilacak" id="inputalani_yazilacak"> <a href=# onclick="javascript:window.open('popup.html');">Pencere Ac</a></form>

bu ana form ve input alanı yazdıracak olansa pop kodumuz;

<script type="text/javascript">
<!---
 function yaziyiaktar(){
 var aktarilacakalan = window.opener.getElementById('inputalani_yazilacak');
 aktarilacakalan = document.pop_formadi.pop_inputadi.value;
 window.close();
 }
//--->
</script>
<form action="javascript:void(0)" method="post" name="pop_formadi">
<input type="text" name="pop_inputadi" id="pop_inputadi"> <input type="submit" value="aktar" onclick="yaziyiaktar()">
</form>

örnek olarak. kendi formuna kendin uygularsan daha kolay ögrenirsin ve halledersin. denemedim çalışmasını mantık bu.