spider58 arkadaşımızın dediği yöntem mantıklı; Flash katman (layer) sistemi ile çalıştığından gif alt katmanda oynar ve üst katmanda olan video oynamaya başladığında bu gif görünmez, sorunun çözülür.
Ancak anladığım kadarı ile senin kesinlikle bu fla yı editleme şansın yok. Bu durumda aklıma bir tek alternatif geliyor; eğer bahsi geçen swf nin transparan arka planı olursa (HTML kod içinde swf özelliklerinde wmode='transparent' şeklinde belirtebilirsin) ve swfnin içinde bulunduğu DIV veya TABLE veya CELL vs. arka planına loading resmini koyarsan sorunsuz çalışacaktır.