Kendi ayarlarıma baktım tekrar,
bunların haricinde

max_execution_time =
ve
max_input_time =

kısımlarında değişiklik yapıp apacheye bir restart atıp tekrar deneyin.
Ben sorunun upload_max_filesize dan kaynaklandığını düşünmüştüm
Diğerlerini de bir deneyip tekrar sonucu yazarsanız sevinirim. Kolay Gelsin