ilk başta klasörleri sıralı olarak oluşturmalısınız ondan sorna kopyalama işlemini gerçekleştirmelisini

kendi allmakedir fonksiyonum

function allMakeDir($dirName){
        $dirName = explode('/',$dirName);
        for($i=0; $i<count($dirName); $i++){
            if($i==0){
                    $mkDirPath = $dirName[$i];
            }else{
                    $mkDirPath .='/'.$dirName[$i];
            }
                    @mkdir($mkDirPath);
                    @chmod($mkDirPath,0777);
        }
}