Default tema için anlatayım, sen kendi temana uyarlarsın...

index.template.php dosyanı aç ve aşağıdaki kodları bul;

echo '
            </td>
            <td align="right" class="catbg">
               <img src="', $settings['images_url'], '/smflogo.gif" style="margin: 2px;" alt="" />
            </td>
         </tr>
      </table>';

Bununla değiştir;

echo '<table cellpadding="0" cellspacing="0" border="0">
      <tr>
        <td>';
$images = array();
$handle = opendir('' . $settings['images_url'] . '/Logo/');
while($file = readdir($handle))
{
  $extension = substr($file, -4);
  if(($extension == '.gif') || ($extension == '.jpg') || ($extension == 'jpeg') || ($extension == '.png') )
  {
    $images[] = $file;
  }
}
$numimages = count($images) - 1;
$randomnum = rand(0, $numimages);
// td close tag is put here so that Explorer doesn't add an extra 2 pixels to the bottom of the image
echo '  <img src="' . $settings['images_url'] . '/Logo/' . $images[$randomnum] . '" /></td>
      </tr>
      </table>';

Bundan sonra yapacağın işlem şu; Temanın içindeki images klasörünün içinde Logo isminde bir klasör oluştur. Logolarını bu klasör içine doldur, istediğin kadar logo olabilir.. Uzantılar; gif, jpg, jpeg, png olabilir. Başka herhangi bir ayar yapmana gerek yok. Logoların her yenilemede farklı çıkacaktır..