comments.php içerisinde
<?php if ( have_comments() ) : ?>
satırından sonra hemen altına:
<?php previous_comments_link() ?> | <?php next_comments_link() ?>
satırlarını ekleyebilirsiniz...
Cevaplama özelliği için ise functions.php içerisinde bir fonksiyon oluşturmanız gerekiyor.
Şöyle ki, eskiden manuel olarak eklediğimiz bir yorum yapısı vardı...
<li <?php comment_class(); ?> id="comment-<?php comment_ID() ?>">
<div id="div-comment-<?php comment_ID(); ?>">
<div class="comment-author vcard">
<?php echo get_avatar($comment,$size='48',$default='<path_to_url>' ); ?>
<?php printf(__('<cite class="fn">%s</cite> <span class="says">says:</span>'), get_comment_author_link()) ?>
</div>
<?php if ($comment->comment_approved == '0') : ?>
<em><?php _e('Your comment is awaiting moderation.') ?></em>
<br />
<?php endif; ?>
<div class="comment-meta commentmetadata"><a href="<?php echo htmlspecialchars( get_comment_link( $comment->comment_ID ) ) ?>"><?php printf(__('%1$s at %2$s'), get_comment_date(), get_comment_time()) ?></a><?php edit_comment_link(__('(Edit)'),' ','') ?></div>
<?php comment_text() ?>
<div class="reply">
<?php comment_reply_link(array_merge( $args, array('add_below' => 'div-comment', 'depth' => $depth, 'max_depth' => $args['max_depth']))) ?>
</div>
</div>gibi...
Ama şimdi adamlar yeni sistemde hiç uğraşmayıp, bunu bir fonksiyona bağlamışlar:
<?php wp_list_comments(); ?>
Yani yukarıdaki fonksiyon otomatik olarak bir yorum yapısı getiriyor. ve bu yapı üzerinde reply linki geliyor

Bir de Admin > Ayarlar > Tartışma kısmına girip, "katmanlı yorumlara izin ver" seçeneğini işaretlemeniz gerekiyor...
2.7deki default temanın, comments.php dosyasını inceleyin derim...