Muhtemelen sistemdeki tüm index.php dosyalarına bulaştı bu. Önce bilgisayarını tarat. Ardından eğer yetkin varsa hostunda bir tarama yap. Crack'li ftp programı kullanmamaya çalış. FTP şifreni değiştir. Bu işlemlerden sonra manuel olarak temizlemek zorundasın bu kodları.

Edit: Filezilla kullanabilirsin.