selamlar,
çok detaylı bakamadım ama

unlink("$uploaddir$file"
eğer klasörü siliyorsa, akla yatkın tek cevabı vardır.

bu koddan önce şöyle bir kod çalıştır:
echo $file; exit;

biliyorum if(.... $file) varken biraz saçma ama.
belki de şu kontroller daha iyi olaiblir: is_file, != NULL. gibi.