/etc/my.cnf içerisinden wait_timeout değerini yükseltmeyi deneyiniz.

+256 ram takarsanız düzelir mi düzelmez mi sorusuna cevap verebilmemiz için vpsin ram mi yoksa işlemci yönünden mi yetersiz kaldığını bilmemiz gerekir, bunun içinde sunucuyu incelemek lazım