3 sorguyla 3 ayrı satır olarak eklediğin için böyle oluyor. kayıt.php şu şekilde değiştir:

<?php
$baglanti = @MySql_pconnect("localhost","***","***") or die("baglanamadi...");
@MySql_select_db("***",$baglanti) or die("veritabani seçilemedi");
$site_adi = $_POST['site_adi'];
$site_url = $_POST['site_url'];
$site_kategori = $_POST['site_kategori'];
$sql = mysql_query("INSERT INTO siteler (site_adi, site_url, site_kategori) VALUES ('$site_adi', '$site_url', '$site_kategori')", $baglanti) or mysql_error();
echo "Veri basariyla eklendi...!";
@mysql_close();
?>

Ayrıca kodlarında hiçbir güvenlik önlemi veya filtreleme yok. Bu şekilde hacklenirsin. Kodlarını en azından şöyle yap:

<?php
$baglanti = @MySql_pconnect("localhost","***","***") or die("baglanamadi...");
@MySql_select_db("***",$baglanti) or die("veritabani seçilemedi");
$site_adi = function_exists("mysql_real_escape_string") ? mysql_real_escape_string($_POST['site_adi']) : mysql_escape_string($_POST['site_adi']);
$site_url = function_exists("mysql_real_escape_string") ? mysql_real_escape_string($_POST['site_url']) : mysql_escape_string($_POST['site_url']);
$site_kategori = function_exists("mysql_real_escape_string") ? mysql_real_escape_string($_POST['site_kategori']) : mysql_escape_string($_POST['site_kategori']);
$sql = mysql_query("INSERT INTO siteler (site_adi, site_url, site_kategori) VALUES ('$site_adi', '$site_url', '$site_kategori')", $baglanti) or mysql_error();
echo "Veri basariyla eklendi...!";
@mysql_close();
?>