1 ve 2) Tag sistemi için db kullanmana gerek yok bence. Bir fonksiyon oluştur. Fonksiyonla birlikte yazıyı çek. Fonksiyonun içinde taglerini neyle değiştireceksen onunla birlikte array içine al

$tagler = array("php" => "<a href='php'>php</a>");

şeklinde yapabilirsin. Daha sonra arraydaki bu tagleri aşağıdaki şekilde değiştir:

foreach($tagler as $key => $value){ $cikti = str_replace($key, $value, $yazi); }

. Fonksiyonun tamamı aşağıdaki şekilde olabilir:

function tagFilter($yazi)
{
	$tagler = array(
			"php" => "<a href='php'>php</a>",
			"internet" => "<a href='internet'>internet</a>"
	);
	foreach($tagler as $key => $value)
	{
		$cikti = str_replace($key, $value, $yazi);
	}
	return $cikti;
}

3) Sitenin kaynak kodlarına baktım ve

<script language="javascript" src="js/dp/Scripts/shBrushPHP.js"></script>

Bu bölümdeki dosyanın sunucunda bulunmadığını gördüm. Muhtemelen sorunun burdan kaynaklanıyor.
4) Bu konuda pek bilgim yok google da ararsan bulabilirsin.

Saygılar.