Şimdi deneme amaçlı bir site kurdum alt klasöre kalıcı bağlantılar "/%postname%/ " şeklinde ayarladım ve hiç sorun olmadı.
Linux sunucu kullanıyorum ve wordpress 2.7 kurdum
Ayrıca ayarlardan alt klasörünün ismi yazılı değil mi?

Birde panelin destekliyorsa fantasticodan kurulum yapmayı dene.