Çok genel bir soru olmuş, bir web sitesinde açıkları bulmak için bir program olduğunu sanmıyorum var olsa bile verimli ve mantıklı çalışmayacaktır web siteleri özel yazılımlar ve hazır yazılımlar ile oluşturulur, eğer hazır bir script kullanılıyorsa ve kullandığı script ile ilgili açıklar var ise exploit yayımlayan (guvenli.org, milworm gibi..) sitelerden bulabilirsin.

Yok site kendine özgün bir yazılım kullanıyorsa, kullandığı yazılım ile ilgili önce bilgi edinmen ve bir açığını bulmak istiyorsan sitenin kodlandığı script dilini iyi bir şekilde bilmen gerekli.

Sunucuda bulunan açıkları tarayan programlar var da soru websiteleri ile ilgili olduğu için bunun açıklamasına gerek yok sanırım