neyse buldum cevabı. Başkasınında bir gün ihtiyacı olursa hem zend hem ioncube kurmak zorunda kalırsa ioncube kurulumu detaylı anlatım burada:

How to install ionCube loader - Hosting Tutorials

Türkçesi alta:
Öncelikle sisteminize Zend kurmuş olmanız gerekiyor. işlem basamağı olarak önce zend kuruluyor, sonra ioncube kuruluyor.
1- Servera ssh üzerinden root olarak giriş yapıldıktan sonra.

Önce sisteminize uygun ioncube versiyonunu ve modelini aşağıdaki adresten belirliyoruz.
PHP Encoder, protection, installer and performance tools from ionCube: Loader Download Benim sunucum için uygun olan versiyon ioncube_loaders_lin_x86.tar.gz oldugu için

# wget "http://downloads2.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86.tar.gz" yazarak sunucunuza indiriyorsunuz.
sonra sıkıştırılmış dosyayı açmak için aşağıdaki kodu kullanıyoruz.

# tar -zxvf ioncube_loaders_lin_x86.tar.gz

php.ini dosyasına küçük bir kod eklememiz gerekiyor bunun içinde şu komutu kullanıyoruz

# pico /usr/local/Zend/etc/php.ini

CTRL+W tuş kombinasyonu ile arama moduna geçiyoruz ve şunu yazıyoruz zend_extension= zend satırını göreceksiniz alt kısımdaki şekilde

[Zend]
zend_extension_manager.optimizer=/usr/local/Zend/lib/Optimizer-3.0.1
zend_extension_manager.optimizer_ts=/usr/local/Zend/lib/Optimizer_TS-3.0.1
zend_optimizer.version=3.0.1
zend_extension=/usr/local/Zend/lib/ZendExtensionManager.so
zend_extension_ts=/usr/local/Zend/lib/ZendExtensionManager_TS.so

Yukardaki satırı aşağıdaki şekilde düzenliyoruz burda ioncube loaderinizi en başa eklemeniz gerekiyor aksi halde çalışmayacak ve php de de sorunlarla karşılaşırsınız.
Kod:
[Zend]
zend_extension=/usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_4.4.so
zend_extension_manager.optimizer=/usr/local/Zend/lib/Optimizer-3.0.1
zend_extension_manager.optimizer_ts=/usr/local/Zend/lib/Optimizer_TS-3.0.1
zend_optimizer.version=3.0.1
zend_extension=/usr/local/Zend/lib/ZendExtensionManager.so
zend_extension_ts=/usr/local/Zend/lib/ZendExtensionManager_TS.so
ve en son olarak

# service httpd restart
komutunu uyguluyoruz

işte sonuç: