Bir kaç farklı yontem var bu konuda:

1) Bir benim kendi kullandığım yöntem;
Sunucumda barındırıp bütün kodları kendi kaynaklarımdan kullandırtmak.Kullanıcı tarafını encode bile etmiyorum. Ama benim yazılımım client-server mantığı olduğu için yapılabiliyor.
2) Ioncube + code enc.
Ioncube %100 kırılabiliyor hiç istisnasız her versionu her encodingi kırılıyor, programların adlarını vermiyim. BHCoderın bahsettiği şekilde enc ederseniz kodu, yani okunmasını çok zorlaştırırsanız kimse uğraşmak istemez, bu bence geçerli bi yöntemdir.
3) Remote Execute
Scriptinizin bir kısmını kendi sunucularınızda çalışacak şekilde tasarlayabilirsiniz, bunları da cliente verdiğiniz kod içerisinde çekip kullanacak hale getirebilirsiniz bu şekilde sitenizde lisans kontrolü yaparak çalıştırabilirsiniz.

Sonuç;
Bu bahsettiğm son 2 yöntemde kırılabilir, fakat direk de-encode ederek kırılmamış olur yani herkes direk kıramaz. Tek güvenli php yöntemi kendi sunucunuzda barındırmaktır bence.

İyi çalışmalar herkese.