Attığınız dosyaları apache sahipleniyor. Sizin kullanıcı adınız yerine apache sahipli olunca da, ftp'den bu tip işlemleri yapamıyorsunuz, ftp kullanıcısı yetki alamıyor.

easyapache ile derleme yapın ve apache modülü olarak suPHP seçin. Derleme bittiğinde de php handler olarak suPHP seçin. Bu şekilde, dosya attığınızda bu dosyaların sahibi apache değil siz olursunuz, ayrıca klasörleri/dosyaları chmod yapmanıza gerek kalmaz ve shell scriptlerine karşı sunucunuz daha güvenli hale gelir çünkü php, sizin websitenizin altında sizin kullanıcı adınızla çalışmaya başlar. Bu da atılan bir shell scriptinin sizin hesabınızın dışına çıkmasını engellerken klasörleri chmod yapma gerekliliğini kaldırır.

edit: suphp ile derledikten sonra eski hatalı dosyalar yine apache tarafından sahipli kalacağından, bir kereye mahsus /scripts/chownpublichtmls çalıştırmalısın.