maşallah mysql %121 cpu kullanımı aşmış kendini. my.cnf de query cache ayarı kapalıysa açınız. böylece cpunuzdaki yükün büyük bi kısmını memorye vermiş olursunuz. mysql optimizasyonu lazım size. ayrıca apache versiyonunuzu ve günlük tekil ve çoğul hitinizi yazarsanız daha ayrıntılı yardımcı olabilirim.
ayrıca
KeepAlive
KeepAliveTimeout
MaxKeepAliveRequests
StartServers
MinSpareServers
MaxSpareServers
MaxClients
MaxRequestsPerChild

bu değerlerde gerekli.

bir de top -n 2 -b -c komutu verirseniz tam top çıktısını alabilirsiniz.