Eğer tek siteyi barındırıyorsan ve sunucu özellikleri buysa saldırıdan başka hiçbirşey olamaz.. Mysql'e saldırı yapılıyor gördüğüm kadarıyla..
komut sonucunu buraya yazar mısın?

Sunucuda csf & apf türü birşeyler var mı? Yoksa hemen kur
Ayrıca xcache ile php sistemleri cacheleyerek hızlandırabilirsin mutlaka bunu da kur.

Ayrıca cache olayı ile ilgili s4l1h KiÅŸisel Günce: Php Cache Sistemi Bu döküman'ı okursan faydalı olabilir.
Ayrıca saldırı değil mysql şişmesi ise phpmyadmin'e girip hemen tabloların hepsini onarmalısın.
Sonucu bekliyorum.