Daha pratik yol, plesk kullanıyorsundur diye düşünüyorum, panelinden siteleri suspend et, tek tek aç. Hangi sitede çakılıyorsa, problem orada
Serverda 2 tane site var zaten, o sql sunucuda da bir tek site var günlük hiti 5-6K arası = ) diğer sitenin günlük hiti 500-1000 arasıdır. Çok fazla site olsa deirm kesin sitelerin bri gidik ama = ) ben iyice performans incelemesi yaapyım şu sitede. bana göre eğer serverda sıkıntı yoksa sql sorgularının bir tanesi bu problemi çıkartıyordur.