$content = "Bu galeri <strong>[galeri id=4]</strong> nolu id ye sahip";
$content = preg_replace("/\[galeri id=(.*?)\]/","$1",$content);
echo $content;

çıktısı:
Bu galeri 4 nolu id ye sahip

$1 galeri id değeridir
siz şimdi urlleri linke nasıl çevireceğim diye başlıkta atarsınız...

$str = 'https://www.r10.net/php/1058642-veritabanindaki-icerik-icinde-galeri-id3-seklinde-saklanan-yaziyi-galeri-kodu-ile-degistirme.html';
$str = preg_replace('#(\A|[^=\]\'"a-zA-Z0-9])(http[s]?://(.+?)/[^()<>\s]+)#i', '\\1<a href="\\2">\\2</a>', $str);
echo $str;