301 yönlendirmesi ile durumu sorunsuz atlatabilirsiniz. eski sitenizin yedeğini alın, sonrasında yeni sitenizi kurup yedeğinizi yükleyin (sql ve ftp dosyalarınızı eksiksiz olarak) işlemleri tamamladıktan sonra google webmaster araçlarından site yönlendirme yapacaksınız, eski sitenizi yeni domaine yönlendirin. son olarak eski sitenin htaccess dosyanıza aşağıdaki kodu ekleyin ;

RewriteEngine on
RewriteRule ^(.*)$ http://www.yenisiteniz.com/$1 [R=301,L]

tüm url'leriniz yeni siteye sorunsuz olarak yönlenecektir, bir kaç ay gibi bi süreden sonra eski sitenizin tüm url'leri yönlenmiş olacaktır. benimde başıma gelen bir sorundu bu şekilde hallettim. kolay gelsin.