indir.php

<?php
$hits = file_get_contents("hitcounter.txt"); 
$hits = intval($hits) + 1; 
$handle = file_put_contents("hitcounter.txt", $hits); 
header('Location: http://www.site.com/dosya.exe');
?>

bir tane hitcounter.txt dosyası oluşturun içine 0 yazın ve chmod 777 yapın http://www.site.com/dosya.exe bu kısmıda kendinize göre düzenleyin
istersen .htaccess ilede böyle kullanabilirsin
.htaccess

RewriteEngine on 
RewriteRule ^dosya.exe$ indir.php [NC]