yok yanlis düsünüyorsunuz, siz standart joomla kurulumuyla gelen temayi kullanmasaniz hicbir degisiklik sizin temaya ve veritabanina müdahale edemez. Standart temada cok ciddi bir kod degisikligi vs olma ihtimalide cok cok zayif bir ihtimal , bunuda belirtmeliyim. Yani güncellenecek dosyalar scriptin sistem dosyalaridir ve sizin iceriklerinizle alakasizdir. Cekinmenize hic gerek yoktur.