Sitenizin içeriği yada kullandığı veri tabanı yönetimi config yolu
şu anki firmanızın verdiği tepkinin yada yaşadığı sorunun sebebini sizde anlayamıyorsunuz belirttiğim işlemler kesin sağlıklı sonuca ulaşmanızın garantisini sunmuyor tabiki ama yapılabilecek tek sağlıklı iştir

firmanızı değiştirmeniz çözüm olabilir ama yaşadığınız güvenlik açığı sorununu geçiş yapacağınız firmanın da çözmesi garanti değildir
script tabanlı açıkta olabilir detaylı incelemeniz birbilene inceletmeniz gerekiyor

sunucu açısından gelebilecek saldırı yöntemine en net karşılık sitenin tek başına 1 sunucuda barınmasıdır
belirttiklerime ek olarak "chroot " sistemini araştırın
%100 güvenli sistem yoktur sadece riskler indirgenir . tabi satış yapan firmaların %90 ı güvenlik garantisi verir bu konuda kimseye güvenmeyin kendi önleminizi belirttiğim şekilde sağlayabilirsiniz