Config.php dosyası hariç bütün dosyaları FTP'den yeniden at ama sakın config'i değiştirme.
Sonra FTP'de .zip yada .rar şeklindeki dosyaları sil. Olmadı iFreme virüsü hakkında detaylı bilgiye ulaşarak eğer sunucunda virüs oldugunu düşünürsende google yada siteden iFrame Virüsü Nasıl Temizlenir? hakkında bilgi almanı öneririm.

Teşekkürler.