filezilla çözüm değildir, o öneriyi dinleyerek
filzeilla ile de iframe yedim ben

yememek için iki önerim var
1. Linux kullanabilirsiniz
2. Cpanelde file manager'ı kullanabilirsiniz, orada direk edit edebilirsiniz.

ÇOK ÇOK ÖNEMLİ NOT: IFRAME sadece index.php ve htm dosyalarına değil JS uzantılı tüm dosyalarınıza da bulaşır. Onları temizlemezseniz diğer dosyalarınıza yeniden yerleşir.