#cd /usr/local/lib/

#chmod 644 php.ini

dener misiniz ?
Ya da
#cd /usr/local/lib/

#chown admin:admin php.ini
(admin kullanıcı adınız olacak)

Ayrıca php'niz threaded olmadığı için sadece alttaki satırı yazsanız yeterlidir.
zend_extension=/usr/local/Zend/lib/ioncube_loader_lin_5.2.so