rkhunter ile ilgili bir sorun gözükmüyor,
#rkhunter --propupd
şeklinde bir kez çalıştır, bundan sonrakilerde gereksiz "warning" leri veremeycektir.

Verdiğin istatistikten anlaşılan, o listede olmayan bir uygulama CPU'yu kullanıyor bak bakalım o listede olmayan hangi uygulamalar çalışıyor?