demekki named sorunlu.

cpanel kullanıyorsun, whm'ye root olarak girip nameserver selection'dan nsd'yi seçmeni öneririm, bind'den daha iyi bir sistem. eğer nsd zaten kullanımdaysa başka çare yok bind seç. bir de öyle dene.

Eğer bu da işe yaramazsa, ssh'den
/scripts/rebuildnamedconf
hata verip vermediğine bak, hata verirse ne hatası verdiğini yazarsan ilgilenelim. hata vermezse service named restart yaptığında büyük ihtimalle çözülecektir.

ama yine de bind yerine nsd öneriyorum.

Edit: nameserverlar için dns zone oluşturdun değil mi? ns1.site.com şeklinde ana ip'ye ve ns2.site.com şeklinde 2. ip'ye dns zone oluşturulmuş olması lazım.